Wichtigstes Organ der WTO ist die Handelskonferenz der Wirtschaftsminister, die (mindestens) alle zwei Jahre tagt und auch Ministerkonferenz genannt wird.

Die Alltagsgeschäfte der WTO übernimmt ein Allgemeiner Rat , der über alle Beschlüsse der Konferenz wacht und eventuelle Streitigkeiten schlichten soll. Je nach Tragweite der Entscheidung trifft er seine Beschlüsse mit einfacher Mehrheit, mit Zweidrittel- oder gar Dreiviertelmehrheit.

Ihr zur Seite gestellt ist zum einen die Schlichtungsstelle für die Dispute Settlement Cases, zum anderen eine Stelle für Handelspolitik , die die WTO-Aktivitäten mit der Weltbank und dem Internationalen Währungsfonds koordiniert.

Während ihre Vorgängerin GATT über 40 Jahre lang eine provisorische Organisation blieb, ist die WTO eine ständige Einrichtung mit einem Jahreshaushalt von ca. 80 Mio. Dollar.