Der Bundesrat sprach sich am 15. Dezember 2006 gegen den Vorschlag der Kommission aus. Insbesondere vermisste er einen für Forschung, Industrie und Bildung durch die Gründung eines solchen Instituts erzeugten Mehrwert. Er sprach sich auch gegen die geplante Finanzierung des EIT aus. (Drs 827/06 (Beschluss))

Die Deutsche Forschungsgemeinschaft warnte davor, Spitzenforschungsbereiche aus den Universitäten herauszubrechen und lehnte deshalb die EIT-Pläne ab. Auch die Bund-Länder-Kommission lehnte sie ab.

Die Bundesregierung unterstützte nun den im Juni 2007 unter der deutschen Ratspräsidentschaft erreichten Kompromiss. Forschungsstaatssekretär Frieder Meyer-Krahmer verteidigte gegenüber der Financial Times Deutschland den Netzwerkgedanken und bezeichnete die Idee eines physischen Instituts als „überkommen“. Es sei nie klar gewesen, wo das von Barroso veranschlagte Geld hätte herkommen sollen.

Im Bundestag stellten die Koalitionsparteien einen Antrag vor (Bundestags-Drucksache 16/5733) vor, der den Kompromissvorschlag des Rates begrüßt.  Er verlangt jedoch, dass die Finanzierung keinesfalls zu Lasten des 7. Forschungsrahmenprogramms oder anderer existierender europäischer Programme gehen dürfe. Die KICs müssten maßgeblich durch Beiträge aus der Wirtschaft oder privater Organisationen finanziert werden. Längerfristig sollte erreicht werden, dass mindestens 50 Prozent der Gesamtkosten seitens privater Dritter getragen werden.