Unter deutscher Ratspräsidentschaft wurde Ende April 2007 ein Kompromissvorschlag vorgestellt, der Anreize schaffen soll, den Erkenntnis- und Technologietransfer zwischen Wissenschaft und Wirtschaft deutlich zu verbessern. Er weicht jedoch von Barrosos ursprünglichem Vorschlag erheblich ab:

Einen neuen Campus wird es nicht geben – allein bestehende Exzellenzzentren sollen mit Unternehmen effektiver vernetzt werden. So sollen Ideen für innovative Produkte, Prozesse und Dienstleistungen entwickelt und die Wettbewerbskraft Europas gestärkt werden.

Einen eigenen Abschluss soll es nicht geben - die beteiligten Universitäten sollen jedoch auf ihre bestehenden Abschlusszertifikate ein EIT-Siegel stempeln dürfen. Dafür sollen Programme zum Austausch von Doktoranden oder regelmäßige Konferenzen eingerichtet werden.

Ein Verwaltungsrat aus 19 unabhängigen Experten soll bis 2012 maximal drei Forschungsschwerpunkte bzw. KICs festlegen, die zusammen mit Spitzeninstituten bestehender Universitäten betreut werden sollen. Dabei sollen in Europa vertraute Exzellenzbereiche aufgefunden und zu einer kritischen Masse mit globaler Relevanz gebündelt werden. Insofern würde der Verwaltungsbereich entlang langfristiger Schlüsselbereiche der technologischen Entwicklung top-down Exzellenzbereiche konzipieren. Es ist aber auch möglich, dass sich bereits vorhandene Exzellenzbereiche bottom-up zu strategischen Partnerschaften formieren.

27 Staaten sollen allerdings hierbei ein Mitspracherecht ausüben dürfen. Deutschland etwa möchte gerne zwei KICs zu den Schwerpunkten Klimawandel und Energie einführen. 

Für den Sitz der Verwaltung mit jeweils 30 Wissenschaftlern und 30 Verwaltungsangestellten haben sich bereits 60 Einrichtungen in Österreich, Ungarn, Polen und der Slowakei beworben. Die Entscheidung soll Ende 2007 fallen.

Der rechtliche Aufbau könnte 2008 abgeschlossen sein. 2009 könnte das ETI seine Arbeit aufnehmen. Bereits 2010 könnten die ersten KICs starten.