Die wesentliche Kritik an dem Kommissions-Vorschlag kam seitens der Hochschulen und Forschungseinrichtungen. So zeigten sich die in der „League of European Research Universities“ (LERU) organisierten führenden europäischen Universitäten in einer Stellungnahme im November 2006 von dem „Top-Down“-Vorschlag der Kommission, ein Europäisches Technologieinstitut zu gründen, nicht überzeugt:

• Die Attraktivität des EIT-Abschlusses bezeichnete die LERU als fraglich. So entschieden sich alle Studierenden des European Moleuclar Biology Laboratory (EMBL) für einen Abschluss assoziierter Hochschulen und verzichteten auf den Abschluss des EMBL.
• Die Mauern, die es laut Barroso niederzureißen gelte, seien laut LERU schon seit langer Zeit niedergerissen. Das EIT sei lediglich ein Add-on bestehender Aktivitäten. Keineswegs werde es den „Urknall“ herbeiführen, den Europa angesichts der gegenwärtigen Herausforderungen brauche. Eine auf nachfragegesteuerte Prozesse basierende FuE-Strategie sei wesentlich sinnvoller.
• LERU sprach sich dafür aus, das EIT auf Partnerschaften forschungsintensiver Universitäten zu stützen und dabei nur deren beste Forschungsgruppen zu berücksichtigen. Das EIT sollte kein operatives Management betreiben, sondern strategische Förderung betreiben. Außerdem sollte es sich auf die Stimulierung von Post-Graduate-Aktivitäten konzentrieren, die zu Abschlüssen der entsprechenden Hochschulen, nicht aber des EIT führten.

Erich Hoedl, Vizepräsident der „European Academy of Sciences and Arts” (EASA) wies  im Mai 2007 darauf hin, dass der Kommissionsvorschlag  für das Jahr 2013 vorsieht, dass 61% des EIT-Haushalt von bestehenden europäischen Innovationsinstrumenten und –fonds bestritten werden sollen, 26% von Mitgliedstaaten, lokalen Einrichtungen, Unternehmen, und nur 13% aus dem Gemeinschaftshaushalt.  Dies bedeute, dass über die Neuausrichtung der bestehenden EU-Innovationsinstrumente die etablierten Forschungs- und Innovationsaktivitäten zerstört würden und die Entwicklung des europäischen Universitätssystems schwer beeinträchtigt werde. Dabei sei ein Erfolg des EIT keineswegs garantiert. Die Zahl der KICs zu auf ein oder zwei zu reduzieren, hält Hoedl gleichwohl für wenig sinnvoll, da der globale Wettbewerb in mehreren Innovationsbereichen bestehe, so dass mehrere KICs sofort mit ihrer Arbeit beginnen müssten.

Die “European Association of Research and Technology Organisations” (EARTO) hingegen unterstützt die Einrichtung des EIT. Seine Hauptaufgabe sieht EARTO darin, den Transferwege von der Forschung in die Anwendung zu verstärken und zu verbessern.